Budući da je osnovna misija FZO RS zaštita prava osiguranih lica i poboljšanje kvaliteta i dostupnosti zdravstvene zaštite, Fond zdravstvenog osiguranja Republike Srpske kontinuirano sprovodi kontrole u zdravstvenim ustanovama koje su konkretni mehanizmi sprečavanja kršenja prava osiguranih lica. Tako je, primjera radi, u prošloj godini bilo više od 200 kontrola primarne zdravstvene zaštite zahvaljujućim kojim je pravovremenim reakcijama kontrolora Fonda osigurano ostvarivanje prava u praksi na način kako je i definisano ugovorom između Fonda i zdravstvenih ustanova. U fokusu svih kontrola je osiguranik i zaštita njegovih prava, te se i efekti svih ovih redovnih i vanrednih provjera mjere na način koliko je u praksi spriječeno kršenja prava osiguranika, što je i glavni cilj kontrola Fonda.
Napominjemo da je trenutno u pripremi i novi pravilnik o kontrolama za koji očekujemo da će značajno unaprijediti ovu oblast.
Inače, kada je riječ o efektima kontrola, u prošloj godini kroz kontrole Fonda uočene su mnoge potencijalne prepreke koje bi da ne postoje ovi mehanizmi provjere onemogućili ostvarivanje prava osiguranika, poput, ne pružanja zdravstvene zaštite u punom obimu, odsustvo doktora iz ustanove u   kojoj ima zaključen ugovor o djelu, ne oslobađanja od participacije osiguranika koji je oslobođen plaćanja ove obaveze i drugo. Кontrole Fonda su izuzetno učinkovite posebno u kontekstu sprečavanja kršenja prava osiguranika i obezbjeđenja pravičnog pristupa i kvaliteta zdravstvenih usluga za sve osiguranike.
Osim kontrola u zdravstvenim ustanovama, kontrolisane su i apoteke, tačnije skoro dva miliona propisanih recepata, a sve u cilju postizanja dosljedne primjene prava koja se odnose na lijekove na recept. Tako se u ovim kontrolama analizira indikacija, količina propisanog lijeka, naplata participacije, odnosno da li je ona eventualno naplaćena i osiguranicima koji su oslobođeni plaćanja ove obaveze, da li apoteke raspolažu sa dovoljnim količinom lijekova koje FZO RS finansira i sl.
Dakle, osnovni cilj kontrola je zaštita prava i interesa osiguranih lica.
Pored kontrola FZO RS i osigurana lica, takođe, imaju mogućnost da u nadležnim filijalama podnesu prijavu povrede prava ukoliko smatraju da je prekršeno neko njihovo pravo iz zdravstvenog osiguranja. Ova mogućnost uvedena je prije više od deset godina, upravo kako bi i osiguranicima dali priliku da u slučaju eventualnog nezadovoljstva pruženom zdravstvenom uslugom znaju kome mogu da se obrate za pomoć. Ovo je prilika da apelujemo na osiguranike da podnose prijave, jer je i to način da kontrolori Fonda dodatnom kontrolom analiziraju šta se desilo u zdravstvenoj ustanovi koja ima ugovor sa FZO RS.
Napominjemo i da su od  2011. godine u svim našim filijalama imenovani zaštitnici prava kojima osiguranici mogu da se obrate ukoliko im je potrebna bilo kakva informacija u vezi sa zdravstvenim osiguranje. Njihovim imenovanjem FZO RS je postao prvi u regionu koji je u okviru svojih resursa omogućio zaštitnike prava. Cilj zaštitnika prava je, takođe, da preventivno djeluju i da informišu i zdravstvene ustanove u slučaju da daju pogrešne upute osiguranim licima ili pogrešno tumače prava i procedure iz zdravstvenog osiguranja. To se pokazala kao odlična praksa, budući da osiguranici prvo zovu zaštnike prava u slučaju da je potrebno dodatno tumačenje prava, što je i bio cilj Fonda prilikom imenovanja zaštitnika osiguranih lica.