Porodični doktor se bira sa liste doktora zdravstvenih ustanova sа kojima je Fond ugovorio primarnu zdravstvenu zaštitu, odnosno porodičnu medicinu. Izbor porodičnog doktora nije ograničen mjestom prebivališta osiguranog lica i vrši se popunjavanjem propisanog obrasca u ambulanti izabranog doktora. Jednom izvršen izbor, odnosno registracija za izabranog  porodičnog doktora vrijedi sve dok osigurano lice ne odluči da ga promijeni, ili ne nastupe okolnosti kada je neophodno izvršiti novi izbor (npr. kada doktor napusti zdravstvenu ustanovu s kojom je Fond potpisao ugovor).

Promjenu porodičnog doktora, odnosno izbor za novog doktora, moguće je uraditi u redovnom periodu predviđenom za promjenu/izbor doktora, a to je svake godine u periodu od septembra pa do kraja oktobra. Promjenu doktora u ovom periodu nije potrebno obrazlagati, odnosno potrebno je da osigurano lice samo popuni obrazac za registraciju u ambulanti doktora kojeg želi da izabere. Promjena doktora prije navedenog roka moguća je ukoliko postoje opravdani razlozi, kao npr. promjena mjesta prebivališta, duže odsustvo izabranog doktora, poremećeni odnosi između doktora i osiguranog lica itd. Kada se mijenja porodični doktor nije potrebna  odjava kod prethodnog doktora, pa ni u slučaju da se mijenja mjesto prebivališta. Popunjavanjem obrasca za registraciju kod novog doktora i verifikacijom te registracije u Fondu zdravstvenog osiguranja, osigurano lice je automatski brisano iz evidencije registrovanih osiguranih lica kod prethodnog doktora. U pravilu, zdravstvena zaštita kod novoizabranog doktora se može koristiti od naredne godine, izuzev ukoliko novi doktor radi u istoj zdravstvenoj ustanovi kao i prethodni, tada nije potrebno čekati početak godine.

Sva osigurana lica, bez izuzetka, obavezna su da se registruju za tim porodične medicine kojeg su izabrali. Djeci do sedam godina i ženama preko 15 godina života, pored toga je omogućeno da se registruju i kod pedijatra, odnosno ginekologa čije će ime porodični doktor upisati u zdravstveni karton. Kod porodičnog doktora moguće je dobiti informaciju o svim pedijatrima i ginekolozima koji rade u zdravstvenim ustanovama sa kojima je Fond ugovorio tu oblast konsultativno-specijalističke zdravstvene zaštite, kao i u poslovnicama Fonda. Kod pedijatra, odnosno ginekologa, koji je upisan u zdravstveni karton, osigurana lica mogu da idu bez uputnice porodičnog doktora. Takođe, osigurana lica Fonda mogu da biraju zdravstvenu ustanovu u kojoj će obaviti bilo koji specijalistički pregled, važno je samo da zdravstvena ustanova ima ugovor sa Fondom za pružanje određenih specijalističkih usluga. Dakle, izbor ustanove za specijalistički pregled je slobodan i nije uslovljen mjestom prebivališta osiguranika.

Zakonom o zdravstvenoj zaštiti je propisano pravo na izbor zdravstvene ustanove na sekundarnom nivou, odnosno na izbor bolnice u Republici Srpskoj.
Osigurano lice ostvaruje ovo pravo kod svog porodičnog doktora, pedijatra ili ginekologa koji ga upućuje u bolnicu, navodeći u koju bolnicu u Srpskoj želi da bude upućeno. Osiguranik i u privatnim bolnicama koje imaju ugovor sa Fondom može da koristi ugovorene zdravstvene usluge pod jednakim uslovima kao i u javnim ustanovama.