Porodični doktor se bira sa liste doktora zdravstvenih ustanova s kojima je Fond ugovorio primarnu zdravstvenu zaštitu, odnosno porodičnu medicinu. 
Izbor porodičnog doktora nije ograničen mjestom prebivališta osiguranog lica i vrši se popunjavanjem propisanog obrasca u ambulanti izabranog doktora.
Jednom izvršen izbor, odnosno registracija za izabranog  porodičnog doktora vrijedi sve dok osigurano lice ne odluči da ga promijeni, ili ne nastupe okolnosti kada je neophodno izvršiti novi izbor (npr. kada doktor napusti zdravstvenu ustanovu s kojom je Fond potpisao ugovor).

Promjenu porodičnog doktora, odnosno izbor za novog doktora, u pravilu je moguće izvršiti po isteku 12 mjeseci od posljednje registracije, i to u periodu od oktobra do kraja decembra, s tim da ta registracija vrijedi od početka naredne godine. Promjenu doktora u ovom periodu nije potrebno ničim obrazlagati, odnosno potrebno je da osigurano lice samo popuni obrazac za registraciju u ambulanti doktora kojeg želi da izabere.
Promjena doktora prije navedenog roka moguća je ukoliko postoje opravdani razlozi kao npr. promjena mjesta prebivališta trajno ili u periodu dužem od tri mjeseca; duže odsustvo izabranog doktora; poremećeni odnosi između doktora i osiguranog lica.
Kada se mijenja porodični doktor nije potrebna  odjava kod prethodnog doktora, pa ni u slučaju da se mijenja mjesto prebivališta. Popunjavanjem obrasca za registraciju kod novog doktora i verifikacijom te registracije u Fondu zdravstvenog osiguranja, osigurano lice je automatski brisano iz evidencije registrovanih osiguranih lica kod prethodnog doktora.

Sva osigurana lica, bez izuzetka, obavezna su da se registruju za tim porodične medicine kojeg su izabrali. Djeci do šest godina i ženama preko 15 godina života, pored toga je omogućeno da se opredijele i za pedijatra, odnosno ginekologa čije će ime porodični doktor upisati u zdravstveni karton.
Kod porodičnog doktora moguće je dobiti informaciju o svim pedijatrima i ginekolozima koji rade u zdravstvenim ustanovama s kojima je Fond ugovorio tu oblast konsultativno-specijalističke zdravstvene zaštite, kao i u poslovnicama Fonda.
Kod pedijatra, odnosno ginekologa, koji je upisan u zdravstveni karton, osigurana lica mogu da idu bez uputnice porodičnog doktora.

Takođe, osigurana lica Fonda mogu da biraju zdravstvenu ustanovu u kojoj će obaviti bilo koji specijalistički pregled, važno je samo da zdravstvena ustanova ima ugovor sa Fondom za pružanje određenih specijalističkih usluga. Dakle, izbor ustanove za specijalistički pregled je slobodan i nije uslovljen mjestom prebivališta osiguranika.

Zakonom o zdravstvenoj zaštiti je propisano pravo na izbor zdravstvene ustanove na sekundarnom nivou, odnosno na izbor bolnice u Republici Srpskoj. Fond je omogućio primjenu ovog prava u praksi uvođenjem novog modela plaćanja bolničkih usluga.
Osigurano lice ostvaruje ovo pravo kod svog porodičnog doktora, pedijatra ili ginekologa koji ga upućuje u bolnicu, navodeći u koju bolnicu u RS želi da bude upućeno.
Kod ostvarivanja prava na liječenje izvan Republike Srpske, takođe, postoji mogućnost izbora zdravstvene ustanove, ali samo u okviru ustanova s kojima Fond ima zaključen ugovor. Npr. ako je Fond ugovorio operaciju na srcu i sa bolnicom u Srbiji i bolnicom u Federaciji BiH, osigurano lice može da se opredijeli u koju od tih bolnica želi da bude upućeno.