Od novembra prošle godine počela je primjena pravilnika kojim je  na nov način uređen postupak ocjene privremene nesposobnosti za rad, kao i rad komisija za ocjenu privremene nesposobnosti. Promjene u ovoj oblasti uslijedile su, prije svega, kao reakcija na činjenicu da je zakonom definisano da Fond zdravstvenog osiguranja nadoknađuje platu za vrijeme bolovanja koje traje duže od 30 dana, umjesto ranijih 120 dana. Prema nepotpunim podacima, u novembru je stopa odsustvovanja s posla zbog bolesti iznosila 4,45 %, a u decembru je smanjena na 3,37 %. U strukturi ukupnog broja odobrenih bolovanja više je bilo onih do 30 dana  koja idu na teret poslodavca. Konkretno, u novembru je stopa odsustva s posla do 30 iznosila 2,63 %, a preko 30 dana 1,82 %. U mjesecu decembru stopa bolovanja do 30 dana iznosila je 1,99 %, a preko 30 dana 1,38 %.Inače,  niskom stopom odsutnosti s posla smatra se stopa manja od 3 %; umjereno povišenom stopa od 3,1 do 4,5 %; visokom odsutnošću stopa od 4,6 do 6,0 %, a izrazito visokom stopa koja prelazi 6,1 %.

Glavna služba za reviziju javnog sektora RS prihvatila je izvještaj o finansijskom poslovanju Fonda zdravstvenog osiguranja u 2007. godini, s rezervom koja se prvenstveno odnosi na način obračuna međusobnih obaveza i potraživanja Fonda i zdravstvenih ustanova.
Izuzimajući ovu i neke druge manje rezerve, u izvještaju Glavne službe za reviziju navedeno je da  «...finansijski izvještaji istinito i objektivno, po svim bitnim pitanjima, prikazuju stanje imovine i obaveza na dan 31. decembra 2007. godine, rezultat poslovanja i izvršenje Finansijskog plana Fonda za godinu koja se završila na taj dan, u skladu sa Međunarodnim računovodstvenim standardima za javni sektor, međunarodnim standardima finansijskog izvještavanja i važećim zakonskim i drugim propisima.»
U Fondu zdravstvenog osiguranja u toku su aktivnosti izrade akcionog plana mjera za realizaciju preporuka Revizije u segmentima prema kojima je izražena rezerva.

Od oktobra 2008. godine na nivou BiH se provodi Projekat unapređenja rada agencija za akreditacije i kvalitet, kojeg finansira Evropska unija. Koordinacija ovog projekta povjerena je francuskim ekspertima, koji su od 26. do 30. januara boravili u Republici Srpskoj. Francuski eksperti su posjetili više republičkih institucija, među kojima i Fond zdravstvenog osiguranja RS.
Na sastanku, koji je upriličen u Fondu zdravstvenog osiguranja, gosti iz Francuske iznijeli su iskustva svoje zemlje u vezi sa unaprijeđenjem kvaliteta i sigurnosti zdravstvene njege, a u okviru toga posebno je istaknuta zainteresovanost ustanova koje provode zdravstveno osiguranje za poboljšanje kvaliteta zdravstvene njege.

Fond zdravstvenog osiguranja RS u skladu sa Pravilnikom o korišćenju zdravstvene zaštite izvan RS odobrio je 36.349 KM za liječenje trinaestogodišnjeg Ferhata Hajdarpašića iz Banjaluke u Univerzitetskoj klinici u Gracu.
Ferhat je obolio od tumora na mozgu, a njegovo liječenje se nije moglo obaviti u zdravstvenim ustanovama u Republici Srpskoj, niti Srbiji, te je predloženo da se liječi u Austriji.
Iz Kliničkog centra Banjaluka Hajdarpašić je radi daljeg liječenja u Gracu otpušten u četvrtak, 22. januara 2009. godine, i isti dan je prevezen u Univerzitetsku kliniku u ovom austrijskom gradu. Predviđeno je da će dječakovo liječenje u Gracu trajati 12 dana.

Direktor Fonda zdravstvenog osiguranja Republike Srpske Goran Kljajčin, propisao je mjere koje će se preduzimati kada se kontrolom utvrde neadekvatni uslovi liječenja u bolnicama, kao i stimulativne mjere prema bolnicama čijim su radom pacijenti zadovoljni.
Kontrola obuhvata nekoliko segmenata: snabdjevenost lijekovima, higijenski uslovi, kvalitet hrane, obezbjeđene pidžame i papuče za ležeće pacijente i zadovoljstvo pacijenata uslugom i odnosom bolničkog osoblja.
Ukoliko kontrola ustanovi nezadovoljavajuće stanje ubuduće će se primjenjivati ove mjere:
- Ukoliko je bolnica tražila od pacijenta da kupuje lijek koji nije na bolničkoj listi, a na toj listi postoji adekvatna zamjena koja se nalazi u bolničkoj apoteci, bolnica će biti kažnjena sa 0,1 % umanjenja mjesečnog iznosa ugovorenih sredstava kod prvog evidentiranog prekršaja. Kod ponovljenog prekršaja umanjenje će iznositi 0,2 % itd., a krajnja mjera je raskidanje ugovora sa tom bolnicom. Ista mjera će biti preduzeta i ako se utvrdi da bolnica iz neopravdanih razloga u svojoj apoteci nije imala sve lijekove sa bolničke liste pa su ih pacijenti sami kupovali.